Ban quản lý chợ Bến Thành là đơn vị hành chính sự nghiệp có thu được thành lập theo quyết định 64/QĐ-UB ngày 28/7/1994 của Ủy Ban Nhân Dân Quận 1.
Chợ Bến Thành hoạt động theo Nghị định 02/2003/NĐ-CP ngày 14/01/2003 của Chính phủ về phát triển và quản lý chợ.
Ban quản lý chợ Bến Thành có chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy đã được quy định tại Quyết định số 1994/QĐ-UBND ngày 24/8/2018 của Ủy ban nhân dân Quận 1.
Nội quy chợ Bến Thành được Ủy ban nhân dân Quận 1 phê duyệt ban hành ngày 17/8/2004. Ban quản lý chợ có 01 Trưởng ban và 02 Phó Trưởng ban. Trưởng ban quản lý chợ phụ trách chung. 01 Phó Trưởng ban phụ trách công tác An ninh trật tự, Phòng cháy chữa cháy và 01 Phó ban phụ trách công tác Kinh doanh, hoạt động chợ.
Ban quản lý chợ có 02 bộ phận chuyên môn:
- Tổ Văn phòng – Tài chính – Kế hoạch – Kỹ thuật điện.
- Đội Bảo vệ chợ
Tổ Văn phòng - Tài chính - Kế hoạch - Kỹ thuật điện
- Quản lý hành chính về mặt Nhà nước mọi hoạt động kinh doanh của chợ. Tổ chức thực hiện thu nộp ngân sách theo chỉ tiêu kế hoạch của UBND Quận 1 giao hàng năm và kế hoạch tài chính tại đơn vị. Hỗ trợ Đội thuế chợ Bến Thành thực hiện việc thu thuế tại địa bàn chợ. Xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch về phát triển kinh tế xã hội tại chợ. Tiếp nhận và hoà giải các vụ khiếu nại trong kinh doanh mua bán.
- Thực hiện các nhiệm vụ duy tu sửa chữa các hạng mục xuống cấp của chợ, sửa chữa điện nước cho các hộ kinh doanh, quản lý, bảo trì hệ thống điện, máy phát điện tại chợ đảm bảo cung cấp điện liên tục tại chợ.
Đội Bảo vệ chợ
Phụ trách về ANTT và an toàn PCCC tại chợ, bảo vệ an toàn tài sản của Nhà nước và hàng hoá của các hộ kinh doanh.
Chi bộ Đảng và các đoàn thể:
Chợ Bến Thành có Chi bộ chợ (18 Đảng viên) và các đoàn thể gồm Công đoàn, Hội Phụ nữ.